Seit 1985 kennt Wil die dreistufige Gemeindeorganisation mit Bürgerschaft, Stadtparlament und Stadtrat. Auf Beginn der laufenden Legislaturperiode 2005-2008 wurde im Rahmen einer umfassenden Behörden- und Verwaltungsreform der Stadtrat von sieben auf fünf Mitglieder reduziert. Das Stadtparlament zählt 40 Mitglieder. Mit der Ablösung der Bürgerversammlung wurde gleichzeitig die Schulgemeinde in die Politische Gemeinde inkorporiert. Die Bürgerschaft wählt alle vier Jahre die Mitglieder des Parlaments, des Stadt- und Schulrates. Die Aufgaben des Stadtrates als Exekutivbehörde sind in fünf Departemente aufgeteilt.

Die Reform der Verwaltung wird als dauernder Optimierungsprozess verstanden. Im Zentrum unseres Engagements steht die Kundenorientierung. Um die Wege kurz zu halten, sollen die verschiedenen Verwaltungsabteilungen mittelfristig auf drei Standorte beschränkt werden. Inzwischen sind die Departemente Bildung und Sport sowie Soziales, Jugend und Alter unter einem Dach an der Poststrasse 10 vereint. Die Departemente Finanzen, Kultur und Verwaltung sowie Bau, Umwelt und Verkehr sollen in der Altstadt verbleiben. Für die Technischen Betriebe Wil ist ein neues Bürogebäude an der Speerstrasse vorgesehen.