Seit 1985 kennt Wil die dreistufige Gemeindeorganisation mit Bürgerschaft, Stadtparlament und Stadtrat. Auf Beginn der Legislaturperiode 2005-2008 wurde im Rahmen einer umfassenden Behörden- und Verwaltungsreform der Stadtrat von sieben auf fünf Mitglieder reduziert. Die Aufgaben des Stadtrates als Exekutivbehörde sind in fünf Departemente aufgeteilt. Das Stadtparlament zählt 45 Mitglieder (36 Mitglieder Wahlkreis Wil; 9 Mitglieder Wahlkreis Bronschhofen). Mit der Ablösung der Bürgerversammlung wurde gleichzeitig die Schulgemeinde in die Politische Gemeinde inkorporiert. Die Bürgerschaft wählt alle vier Jahre die Mitglieder des Parlaments, des Stadt- und Schulrates.

Die Reform der Verwaltung wird als dauernder Optimierungsprozess verstanden. Im Zentrum unseres Engagements steht die Kundenorientierung. Das Departement Finanzen, Kultur und Verwaltung ist in der Altstadt im Rathaus an der Marktgasse 58-60 und 57 untergebracht. Das Departemente Bildung und Sport befindet sich ebenfalls an der Marktgasse 57 in der Altstadt. Das Departement Soziales, Jugend und Alter ist an der Poststrasse 10 zu finden, und das Departement Bau, Umwelt und Verkehr hat seinen Standort an der Hauptstrasse 20 in Bronschhofen. Die Technischen Betriebe Wil sind an der Speerstrasse 10 zu finden.